Il Presidente, eletto dall'Assemblea a scrutinio palese, è il rappresentante legale dell'Agenzia, resta in carica per tre anni e qualora abbia svolto due mandati consecutivi, anche non completi, può essere nominato per ulteriori mandati a condizione che siano trascorsi almeno tre anni dal compimento del secondo mandato consecutivo.
Dal 13/03/2026 il Presidente è il Dott. Stefano Begotti (Delibera Assemblea 2026/02)